ในปี ค.ศ. 1992 หนังสั้นเรื่อง วอร์มโฮลส์ ชนะหัวข้อแนวคิดที่ดีที่สุดที่งานแอนิเมชันนานาชาติที่ออตตาวา (Ottawa International Animation Festival)[21] ส่วน สพันจ์บ็อบ สแควร์แพ้นท์ ได้เข้าชิงรางวัลเอ็มมีไป 17 สาขา

ในปี ค.ศ. 2001 ทางHeal the Bay ได้รับการยกย่องในงานวอล์กเดอะวอล์กอวอร์ด[4][22] ในปีต่อมาฮิลเลนเบิร์กได้รับรางวัลเทเลวิชันแอนิเมชันอวอร์ด (Television Animation Award) จาก National Cartoonists Society[4][23] และรางวัลรูปปั้นเจ้าหญิงเกรซ จากองค์กรเจ้าหญิงเกรซ[4][24] และในปี ค.ศ. 2018 ได้รับรางวัลวินเซอร์ แม็คเคย์อวอร์ด (Winsor McCay Award) ที่งานประกาศรางวัลแอนนีอวอร์ด ครั้งที่ 45[25]